Вместо поэтапного обновления на уровне отдельных deb-пакетов в Ubuntu Core применяется механизм атомарного обновления snap-пакетов и базовой системы, по аналогии с Atomic, ChromeOS, Endless, CoreOS и Fedora Silverblue. При обновлении базового окружения и snap-пакетов имеется возможность отката состояния до прошлой версии, в случае проблем, выявленных после обновления. В настоящее время в каталоге SnapCraft насчитывается более 4600 snap-пакетов.

Для обеспечения безопасности каждый компонент системы верифицируется по цифровой подписи, что позволяет защитить дистрибутив от внесения скрытых модификаций или установки непроверенных snap-пакетов. Поставляемые в формате Span компоненты изолируются при помощи AppArmor и Seccomp, что создаёт дополнительный рубеж для защиты системы в случае компрометации отдельных приложений. Базовая система включает только минимальный набор необходимых приложений, что не только позволило уменьшить размер системного окружения, но и положительно сказалось на безопасности за счёт уменьшения возможных векторов для атак.

Базовая файловая система монтируется в режиме только для чтения. Обновления выпускаются регулярно, доставляются в режиме ОТА (over-the-air) и синхронизированы с составом Ubuntu 18.04. Для минимизации трафика обновления поставляются в сжатом виде и включают только изменения, относительно прошлого обновления (delta-обновления). Автоматизация установки обновлений решает проблемы с поддержанием безопасности системы при использовании на встраиваемых устройствах.

Благодаря логическому отделению базовой системы от приложений, поддержанием кодовой базы Ubuntu Core в актуальном виде занимаются разработчики Ubuntu, а об актуальности дополнительных приложений заботятся их разработчики. Подобный подход позволяет снизить затраты на сопровождение продуктов, программное окружение которых построено на основе Ubuntu Core, так как их производителям не требуется заниматься выпуском и доставкой системных обновлений и достаточно сосредоточить внимание только на своих специфичных компонентах.