если жесткий диск виртуалки в raw формате, то восстановить ее не сложно с помощью утилиты testdisk . Нужно потушить виртуалку, примаунтить на хостовой машине ее диск как блочное устройство с помощью losetup - losetup /dev/loop0 /var/lib/vz/images/xxx/disk1.raw и натравить testdisk на /dev/loop0. Вероятность того, что при бекапах эта виртуалка будет слетать постоянно - высока, заметил что такое чаще происходит в случае, когда гостевая система - устаревшая и давно не обновляемая. У меня например, постоянно слетала при бекапе фря 9.2, после обновления до 10.3 - стала нормально бекапиться.