В этом случае не будут работать статические записи в DNS микротика.
У меня схожая проблема. Если указать на клиенте в качестве DNS-сервера адрес маршрутизатора, то резолвятся только те имена, которые есть в статических записях. Если же указать маршрутизатор в качестве первичного DNS, а в качестве вторичного DNS-сервер провайдера, то имена начинают резолвится в обход микротика через DNS-сервер провайдера. Настроено как и здесь (DNS-сервера указаны вручную, поле dynamic servers пустое), версия RouterOS 6.33.
