Вообщем проблема кроется в sudo.
И пока не понятно откуда берётся.
В консоли под пользователем билинга sudo работает "на ура", а из-под php - фигушки.
Отладка , что есть в sudo, пока особо ситуацию не прояснила, из того, что явно бросается в глаза, невозможность получить характеристики tty при вызове из php, и, видимо, какие-то проблемы с получением плагина sudoers.
Вот так выглядит консольный вариант sudo
А вот это sudo из-под php
Sudo 1.8.19.p1
Баги просмотрел, но своей ситуации не нашёл.
Попробую поставить более свеженькую версию.