При работе приложения начали возникать существенные задержки, местами вообще отказы. Надо было посмотреть как работает MySQL база.
Все свелось к использованию tcpdump и анализатора запросов pt-query-digest. Потому как останавливать базу нельзя, а лог запросов там, конечно же, выключен.
Т.к. сервер приложения и база разделены, то на первом запускаем
tcpdump -ni vlan21 port 3306 -s 65535 -x -n -q -tttt > /tcpdump.out
А потом анализируем это
pt-query-digest --type tcpdump --output slowlog /tcpdump.out
Сам анализатор предоставляет Percona.
https://repo.percona.com/Я брал тут:
https://repo.percona.com/percona/yum/release/centos/latest/os/x86_64/пакет: percona-toolkit-*
описание:
https://www.percona.com/doc/percona-toolkit/LATEST/pt-query-digest.html 
Вы должны войти