Нашел лекарство...
У меня роутеры получают по ПППоЕ белые адреса, запретил обращение к ДНС из интернета, нагрузка на роутер упала.
Если интересно, само правило:
/ip firewall filter
add action=drop chain=input dst-address=91.XXX.XXX.XXX dst-port=53 protocol=\
udp
UPD:У кого адреса динамические, можно попробовать запретить входящий трафик 53 порт udp на интерфейс смотрящий в интернет.
Кстати, на ПППоЕ интерфейс, с интернета ко мне прилетало около 2 мбит трафика на 53 порт UDP
Ромка's сообщение in RouterBoard OS 6.1 DNS usage ~90% was marked as the answer