Долго боролся с этой проблемой, тестил, эксперементировал пробовал и т.п. Но решил ее установкой двухголовой сетевушки на чипсете intel 82575, работает на ура. Разбросал вручную все прерывания на все 8 ядер системмы. До этого было загружено только в ядра, на две отдельные сетевые.
Всем советую такое решение.