Ну собсно корявая реализация, спасибо гуглу и опеннет:
Для начала нам надо вытащить электронную подпись с рутокена, полученного в роскомнадзоре. Для этого воспользуемся утилитой P12FromGostCSP, и экспортируем подпись в формате PKSC#12.
Так как системный OpenSSL в FreeBSD не поддерживает шифрование ГОСТ, ставим свежую версию из портов. Это не затрагивает работоспособность всей системы, и портовый OpenSSL прекрасно существует параллельно системному:
# which openssl
/usr/bin/openssl
# openssl version
OpenSSL 0.9.8y 5 Feb 2013
# /usr/local/bin/openssl version
OpenSSL 1.0.1