Модуль "массовый ресет" Вам в помощь. Включаете в alter.ini, если не включен (MASSRESET_ENABLED=1), в меню появляется одноименная надпись, запускаете, ждёте пока биллинг создает/пересоздаёт записи в микротике. За процессом можно наблюдать либо в событиях биллинга (будет написано кого уже заресетили), либо в логах микротика.